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分子生物学软件SnapGene V5已发布

SnapGene是一款强大的多功能的分子生物学工具,能够非常直观的注释分析和DNA图谱,用于创建和共享丰富的注释文件,帮助我们准备清晰的分析生物学绘制相关图形。SnapGene提供了计划,可视化和记录DNA克隆和PCR的极快和简单的方法。


您可以轻松注释功能并设计引物。该软件体积小巧,但是功能十分强大,包含了序列编辑、标记、内切酶分析、蛋白产物分子量预等实用功能,可以满足不同生物学研究人员对相应序列进行分析的操作。SnapGene V5已发布!



版本5.0的更改

新功能

  • 添加了用于DNA和蛋白质序列的成对比对的工具

  • 提供了对自定义背景窗口颜色的支持

  • 添加了以小写形式显示要素翻译的功能

  • 将比对限制在参考DNA序列的指定链或区域中

  • 添加了直接从Ensembl导入序列的功能

  • 启用了一个或多个翻译特征的密码子频率的计算和保存

  • 启用的功能可见性可按功能类型切换

  • 添加了在导入序列迹线以进行重叠群装配或多序列比对时修剪低质量末端的选项

  • 使对齐的cDNA可用于用外显子和内含子注释特征

  • 添加了对打开DNASIS文件的支持

  • 增强的BLAST支持可提供所有五个选项(blastn,blastx,tblastx,blastp和tblatn)

  • 查看参考序列的比对时,更新了“比对序列”菜单,并添加了以下新命令:· 在窗口中复制所选序列·删除所有序列·显示/隐藏序列迹线的质量数据

  • 使多重DNA比对的选定部分可以转换为多重蛋白质比对

  • 添加了一个控件,用于将集合中的选定文件导出为PDF或制表符分隔格式的列表。

  • 添加了一个:“选择DNA序列...”按钮来模拟琼脂糖凝胶对话,作为配置多个通道的捷径

  • 可以将氨基酸序列复制为1或3个字母的氨基酸代码

  • 启用复制成对或多个对齐窗口中跨越多行的选区的功能

  • 添加了新英格兰生物实验室“Tridye®超低范围DNA阶梯”


增强功能

  • 计算具有间隙的特征的段的总长度,该信息现在显示在“特征”视图,特征对话框和特征工具提示中

  • 通过使用图标减少了收集界面中“代码编号”列的宽度

  • 添加了通过推出“编辑要素”对话框时调整其阅读框来保留要素翻译的选项

  • 在“首选项”中添加了一个选项,以在道尔顿的蛋白质文件中显示选择的MW

  • 如果在组装重叠群时未包含某些输入序列,则添加了一条通知

  • 添加了用于从列表导入引物的键盘快捷方式

  • 放宽了禁止在引物名称中使用<和>字符的限制

  • 改进了T7启动子功能的检测

  • 改进了从NCBI的导入范围,以允许左端点和右端点交换的区域,并识别“c”表示反向互补

  • 增加了对新遗传密码的支持

  • 改进了与参考DNA序列比对的算法

  • 改进了从geneXplain生成的BED和GTF文件中导入特征的功能

  • 在用户界面中提供了对齐程序(例如MUSCLE)的版本号

  • 通过包括在DNA线以下延伸的线,提高了选择及其端点在地图中的可见性

  • 增强了“编辑MW标记列表”对话框,以支持按供应商显示MW标记,并允许从供应商处一步选择所有的MW标记

  • 在“功能”视图中,具有许多功能的序列极大的改善了滚动性能

  • 在“酶和引物”菜单中添加了命令,以拉出“首选项”中的相应选项卡

  • 蛋白质窗口中的“增强的属性”视图列出了平均分子量和但同位素分子量

  • 使对齐对话框变为无模式,以允许切换到其他SnapGene窗口

  • 通过从选择的每一端向下延伸蓝线,提高了多对齐窗口中共识选择的可见性

  • 进行了广泛的优化,以加快应用程序的总体启动和使用速度

  • 从Webkit切换到QTextEdit以进行富文本控件

  • 改进了对功能限定符和“描述面板”字段中链接的支持

  • 增加了“TA和GC克隆”对话框,以允许通过单击按钮来解决简单问题

  • 改进了用于切换与参考这序列对齐的序列的可见性的控件

  • 改进了用于在显示对齐序列迹线为双链DNA或色谱图之间切换的控件

  • 添加了一条警告,当计算多序列比对时,只有Clustal Omega才能保留内部终止密码

  • 使用“保存到主集合”时,如有必要,可以指定一个主集合

  • 浏览集合时,在“视图”菜单中添加了“列表视图”和“文件夹视图”命令

  • 将“设计综合构造”和“订单构造”命令移至“工具”菜单

  • 合并了所有文件类型(DNA,蛋白质,比对)的默认字体大小设置,并增加了对比对默认字体大小的支持

  • 鼠标悬停在序列迹线中的一个峰上时,改进了使用Opt/Alt查看所有四个碱基高度的可发现性

  • 在“工具”菜单中添加了“管理密码使用表”命令,因为以前只能从“密码使用表”对话框中访问此选项

  • 确保即使在为显示完整说明的情况下,“功能”视图中也可以看到丰富的格式(粗体,斜体,下划线,上标和下标)

  • 在“DNA计算”窗口中添加了“GC含量”值

  • 启用了将凝胶图像,地图和历史记录导出macOS上的EMF矢量格式,以导入到Microsoft Offe产品中的功能

  • 在“功能”菜单中添加了“显示/隐藏所有功能”命令

  • 在“入门”菜单中添加了“显示/隐藏所有入门”命令

  • 确保从NCBI导入时,将LOCUS字段用作默认文件名

  • 增强了逻辑,以便在SnapGene在线数据库导入时,即使不是按字母顺序列出的第一个匹配项,也会自动选择与查询的完美配项

  • 添加了使用Cmd/Alt+单击在多重比对窗口中的共识和比对序列之间转移选择的功能

  • 为“翻转序列”和“设置原点”命令添加了键盘快捷键

  • 增强了蛋白质搜索的灵活性,可以在适当的情况下从查询中剥离终端停止密码子

  • 改进了对复制地图,历史记录和琼脂糖凝胶以及以矢量格式粘贴到macOS上的Microsoft Office的支持

  • 添加了对具有以下功能类型的以下限定符的支持。外显子和内含子:/tran_spicing; misc_recomb:/recombination_class; rep_origin:功能;来源:/metagenome_source;tRNA:operon。

  • 改进了功能限定符/recombination_class,/regulatory_class,/db_xref,/gap_type和/ncRNA_class可用的选项。

  • 添加了“设置翻译编号”的快捷方式

  • 改进了线性图中酶的布局

  • 从NCBI导入并打开GenBank和EMBL文件时,改进了ORF和非功能翻译的遗传密码选择

  • 配置了用于参考DNA序列比对的工具,以便翻转参考序列或重置数字原点将保留比对而不是重新计算它们

  • 使用MilliporeSigma的DNA分子量标记IV和VII时,提高了条带的可见性

  • 添加了新英格兰生物实验室BsaI-HF®V2酶的供应商信息

  • 添加了Thermo Fisher(Invitrogen)Anza®酶的供应商信息

  • 进行了各种文本,颜色和其他视觉增强


修复

  • 防止复制的凝胶图像粘贴到Microsoft Office时被剪切

  • 修复了解码一些RTF编码的内容(引物列表等)的问题

  • 改进的T7启动子和其他非翻译特征的检测

  • 确保末端磷酸盐永远不会出现在蛋白质序列的末尾

  • 通过按Escape键可以关闭“许可协议”对话框

  • 修复了导入文件后消失的“另存为”对话框,然后在顶部工具栏的“保存”按钮菜单中选择“保存”的问题

  • 在打印或保存EULA时省略了背景色

  • 在查看蛋白质序列窗口时,删除了各种不相关的禁用菜单命令

  • 防止在按下Opt时工具栏顶部菜单中的“保存”命令更改为“全部保存”

  • 更正了从BED和Genome Compiler文件导入的反向特征的转换

  • 添加了一个要求,即TA和GC克隆对话框中的插入序列<50kb

  • 校正了各种标准质粒,使其在图谱标签中不包含“(线性化)”

  • 纠正了各种TOPO®载体的终点修饰

  • 确保在功能限定符和“描述面板”字段中正确显示上标和下标

  • 允许删除多个序列比对中的缺口

  • 删除多个序列比对中的缺口后,通过撤销提高了稳定性

  • 当光标置于对齐窗口中时,启用“编辑—删除”

  • 修复了在使用“全选”和“选择范围”命令后,菜单更新以反映多序列比对中的选择的各种问题

  • 当在路线中仅选择间隙字符时,提供了“编辑——删除间隙字符”命令

  • 当没有内容显示时,确保保持分裂箭头的正确位置

  • 设置数字原点时,确保保持分裂箭头的正确位置

  • 改进了“选择范围”对话框中空间的行为

  • 提高了引物结合位点计算的准确性,以确保长环不会不适用于多个杂交拉伸

  • 改进了对基于IP的许可证的支持,尤其是在网络连接发生更改或速度缓慢或暂时不可用时

  • 查找操作期间增强的稳定性

  • 避免了在选择替代密码子对话框中选择的遗传密码不兼容的密码子使用表的问题

  • 确保“编辑密码子使用情况表”始终显示正确的遗传密码

  • 修复了在未选择氨基酸的情况下使用ORF上下文菜单中的“复制ORF翻译”的问题

  • 切换到全屏模式时,防止隐藏顶部的工具栏

  • 确保正确显示间隙下游对齐的区域

  • 如果单击的窗口为激活,请确保右键单击不会显示上下文菜单

  • 纠正了回归,其中在“功能”和“入门”视图中的“查找”控件下拉菜单中未列出最近的搜索

  • 修复了切换完整描述后在“功能”视图中出现柔和选择的问题

  • 打开某些CLC Bio文件时增强的稳定性

  • 改进了在“功能”视图中循环搜索结果时突出显示的匹配项

  • 使用“酶”,“功能”和“引物”视图时,改进了“编辑”菜单中的“查找”选项

  • 在历史视图中使用“查找原型”时启用输入/返回和移位输入/返回

  • 改进了“新的DNA/蛋白质文件”对话框中粘贴的包含不寻常字符的丰富内容的转换

  • 确保仅在“图谱”和“序列”视图中启用“酶”菜单中的“显示/隐藏酶”命令

  • 在紧凑模式在显示序列时,删除了有关“序列”视图中ORF的不必要警告

  • 当未选择集合中的任何项目时,防止“编辑”—“查找”下列出空白命令

  • 纠正了打开MSF文件的问题

  • 可见集合时使用“全部保存”时提高了稳定性

  • 当在结合中既看不到DNA蛋白质文件也不显示蛋白质文件时,可以在“编辑”—“查找”下防止空白菜单操作

  • 确保与参与者序列突出显示的不匹配始终以正确的颜色显示

  • 改进了MSF文件的打开

  • 防止了在尝试删除包含跨越数字原点的转换特征的限制片段可能发证的挂起

  • 已解决从Ensembl导入后最初在新创建的集合中显示空文件列表的问题

  • 使用文件—将全部保存为集合中的许多编辑文件时,提高了稳定性

  • 修复了以下问题:在保存文件之前未在列表中选中比对序列时,先前计算的与参考DNA序列比对的信息可能会丢失

  • 在查看多重对齐时放置光标时,禁用“编辑—删除”

  • 避免了将原始比对恢复到参考DNA序列时有时可能发生的问题

  • 解决了取消将序列与参考DNA序列重新比对的问题

  • 改进了替换集合中的功能名称时的行为。




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2019-09-24

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